At kosten har stor indflydelse på tarmflora og tarmfunktion er for de fleste velkendt. Vores moderne kost har gennem en årerække indeholdt alt for mange kulhydrater, hvilket har givet næring til skadelige tarmbakterier og ofte har kosten indeholdt for få grøntsager, som blandt andet giver næring til tarmens gode helbredsfremmende mælkesyrebakterier og den populære nuværende protein baserede kost giver forstoppelse, så at vores kost har stor betydning for vores tarmflora og tarmfunktion er indiskutabelt og ofte kan en justering af kosten afhjælpe problemerne væsentligt. Skal kosten bruges terapeutisk – altså som en behandling vil det ofte være helt individuelt, hvad der er den rette kostanbefaling. Men der findes dog de situationer, hvor justering af kosten ikke afhjælper problemerne. Fx menes vores moderne hygiejne, at kunne være en årsag til kronisk tarmbetændelse, da den muligvis forhindrer, at immunforsvaret kan forholde sig til de forskellige parasitter og bakterier i tilstrækkelig grad – og dermed kan irriteres af harmløse stoffer. Ofte kan kosttilskud der styrker cellerne i tarmslimhinden og dermed danner en beskyttende barriere mod sygdomsfremkaldende stoffer hjælpe på situationer.